Conformité environnementale : guide complet pour les entreprises

La conformité environnementale n'est plus un sujet réservé aux grands groupes industriels. Entre l'extension des obligations CSRD, le durcissement des sanctions pénales et la multiplication des régimes REP, chaque entreprise — quelle que soit sa taille — est aujourd'hui concernée par au moins un volet du droit environnemental. Ce guide recense l'ensemble des obligations, classe par taille d'entreprise et par domaine, et propose une méthodologie d'audit pour structurer votre mise en conformité.

La conformité environnementale désigne l'ensemble des mesures permettant à une organisation de respecter les exigences légales, réglementaires et normatives relatives à l'environnement. Elle couvre quatre grandes dimensions :

• Réglementaire : respecter les lois et décrets applicables (Code de l'environnement, arrêtés préfectoraux, règlements européens)
• Normative : se conformer aux référentiels volontaires reconnus (ISO 14001, EMAS)
• Contractuelle : honorer les engagements environnementaux pris vis-à-vis de clients ou d'investisseurs
• Volontaire : aller au-delà de l'obligation légale dans une logique de performance ESG

La non-conformité expose l'entreprise à trois types de risques : sanctions administratives (mises en demeure, amendes, fermeture), poursuites pénales (y compris contre les dirigeants à titre personnel) et atteintes réputationnelles pouvant affecter les relations commerciales et l'accès au financement.

Point critique : en France, le principe de responsabilité pénale des personnes morales s'applique pleinement en droit environnemental. Le dirigeant peut être condamné même sans avoir eu connaissance directe de l'infraction, dès lors qu'il n'a pas mis en place les dispositifs de prévention adéquats.

Le Code de l'environnement

Codifié en 2000, le Code de l'environnement constitue le socle du droit environnemental français. Il rassemble les dispositions relatives à :

• La protection des milieux (eau, air, sols, biodiversité)
• Les installations classées pour la protection de l'environnement (ICPE)
• Les déchets et la responsabilité élargie du producteur (REP)
• Les évaluations environnementales (étude d'impact, enquête publique)
• Les sanctions administratives et pénales

Ce code est régulièrement mis à jour. Deux lois récentes ont significativement renforcé le dispositif : la loi AGEC (anti-gaspillage pour une économie circulaire, 2020) et la loi Industrie Verte (2023).

La loi Industrie Verte (2023)

Cette loi introduit plusieurs évolutions majeures :

• Instruction ICPE accélérée : délai réduit de 17 à 9 mois pour les projets industriels prioritaires
• Sanctions BEGES renforcées : jusqu'à 10 000 € d'amende pour non-dépôt du bilan GES, portée à 20 000 € en cas de récidive
• Dérogations espèces protégées : procédure simplifiée pour les projets d'intérêt national majeur, mais encadrée par des mesures compensatoires renforcées

La loi AGEC et ses décrets d'application

La loi AGEC fixe des objectifs structurants pour les entreprises : 100 % des emballages ménagers recyclables d'ici 2030, extension des filières REP, tri obligatoire des biodéchets. Pour les obligations précises par flux et par date, voir notre guide sur la loi AGEC.

La CSRD — Corporate Sustainability Reporting Directive

Adoptée en 2022 et transposée en droit français en 2024, la CSRD impose un reporting extra-financier normalisé selon les standards ESRS (European Sustainability Reporting Standards). Le paquet Omnibus de 2025 a relevé le seuil d'application à 1 000 salariés, excluant mécaniquement environ 80 % des entreprises initialement visées.

Restent soumises à la CSRD les entreprises dépassant deux des trois critères suivants :

• 1 000 salariés
• 50 M€ de chiffre d'affaires net
• 25 M€ de total bilan

Le rapport CSRD couvre les enjeux environnementaux (changement climatique, biodiversité, eau, ressources, pollution), sociaux et de gouvernance. Il est soumis à vérification par un organisme tiers indépendant. Pour une analyse détaillée, voir notre guide CSRD.

REACh — Enregistrement, évaluation et autorisation des substances chimiques

Le règlement REACh (CE n°1907/2006) oblige les producteurs et importateurs de substances chimiques à les enregistrer auprès de l'ECHA (Agence européenne des produits chimiques) au-delà d'une tonne par an. Les substances extrêmement préoccupantes (SVHC) sont soumises à autorisation préalable. REACh concerne en premier lieu les secteurs chimique, pharmaceutique, textile et électronique.

La directive IED — Industrial Emissions Directive

La directive sur les émissions industrielles (IED, 2010/75/UE, révisée en 2024) fixe des valeurs limites d'émission pour les grandes installations industrielles basées sur les meilleures techniques disponibles (MTD/BAT). En France, la plupart des installations concernées relèvent du régime ICPE — autorisation avec étude de dangers.

Le MACF — Mécanisme d'Ajustement Carbone aux Frontières

Entré en phase transitoire en octobre 2023, le MACF impose aux importateurs européens de certains secteurs (acier, ciment, aluminium, engrais, électricité, hydrogène) de déclarer les émissions carbone incorporées dans leurs produits. La phase définitive, avec obligation d'achat de certificats MACF, débutera en 2026. Les importateurs concernés doivent anticiper dès maintenant. Voir notre guide MACF.

Les obligations varient selon la taille de l'entreprise et son secteur d'activité. Le tableau suivant synthétise les principales :

Note : le seuil BEGES (bilan des émissions de gaz à effet de serre) est de 500 salariés pour le secteur privé, 250 pour le public. Pour les obligations détaillées et le format de déclaration, voir notre guide bilan GES.

Les TPE et artisans : des obligations minimales mais réelles

Même une très petite entreprise est concernée par :

• Le tri sélectif des déchets professionnels (5 flux depuis 2016, biodéchets depuis janvier 2024, textiles depuis janvier 2025)
• Les filières REP applicables à son activité (emballages, DEEE, piles, etc.)
• Les éventuelles prescriptions d'un arrêté préfectoral si l'activité génère des nuisances (bruit, rejets)

La méconnaissance de la réglementation n'est pas un motif d'exonération. Les TPE peuvent se faire accompagner par leur CCI ou CMA.

Déchets et économie circulaire

Le tri des déchets professionnels obéit au principe de la hiérarchie des déchets : prévention, réemploi, recyclage, valorisation, élimination. Les entreprises doivent :

1. Trier les 5 flux : papier/carton, métal, plastique, verre, bois — depuis 2016 pour les plus gros producteurs, généralisé progressivement
2. Trier les biodéchets : depuis janvier 2024 pour tous les professionnels, sans seuil de quantité
3. Trier les textiles : depuis janvier 2025 (8e flux), confier à une filière REP agréée
4. Déclarer les déchets dangereux : bordereau de suivi des déchets dangereux (BSD), traçabilité obligatoire de la collecte au traitement final

Les filières REP impliquent pour les producteurs et importateurs l'adhésion à un éco-organisme agréé et le versement d'éco-contributions.

Émissions dans l'air et bilan GES

Les installations ICPE soumises à déclaration, enregistrement ou autorisation doivent respecter des valeurs limites d'émission (VLE) pour les polluants atmosphériques. Les grandes entreprises (+500 salariés secteur privé) doivent publier leur BEGES tous les 4 ans, déclaré sur la plateforme GEREP du Ministère de la Transition Écologique.

Eau : prélèvements et rejets

Les prélèvements d'eau (cours d'eau, nappe phréatique) et les rejets d'eaux usées industrielles sont encadrés par la loi sur l'eau et les milieux aquatiques (LEMA). Au-delà de certains seuils, une déclaration ou autorisation préfectorale est requise (régime IOTA — Installations, Ouvrages, Travaux et Activités).

Sols et sites pollués

L'exploitant d'un site industriel est responsable de la remise en état du sol à la cessation d'activité. Le dispositif SIS (Sites et Sols Pollués) recense les terrains nécessitant des précautions particulières. La base BASOL du MTE répertorie les sites pollués connus.

Biodiversité et espèces protégées

La destruction d'espèces protégées ou de leurs habitats est passible de sanctions pouvant atteindre 10 ans d'emprisonnement et 150 000 € d'amende. Tout projet susceptible d'affecter des espèces protégées doit obtenir une dérogation préfectorale et mettre en œuvre des mesures ERC (Éviter, Réduire, Compenser).

Sanctions administratives

L'inspection des installations classées (DREAL) dispose de pouvoirs de police administrative :

• Mise en demeure : délai de mise en conformité fixé par arrêté préfectoral
• Consignation : dépôt de somme couvrant les travaux de mise en conformité
• Travaux d'office : exécution aux frais de l'exploitant
• Suspension d'activité : partielle ou totale, pour durée déterminée
• Fermeture définitive : en cas de danger grave et imminent

Les amendes administratives peuvent atteindre 15 000 € par infraction pour une ICPE en régime Déclaration, avec des plafonds nettement supérieurs pour les régimes Enregistrement et Autorisation.

Sanctions pénales

Le Code de l'environnement prévoit des sanctions pénales significatives :

La directive européenne sur la criminalité environnementale (2024/1203), transposable avant mai 2026, alourdit encore le dispositif avec des sanctions atteignant 3 à 5 % du chiffre d'affaires mondial ou 24 à 40 millions d'euros selon les infractions les plus graves.

Responsabilité civile

En dehors des sanctions pénales, l'entreprise peut voir sa responsabilité civile engagée pour réparation des préjudices causés à des tiers (voisins, collectivités, associations). La loi sur la responsabilité environnementale (LRE) introduit en outre une responsabilité sans faute pour certaines atteintes à la biodiversité et aux eaux.

ISO 14001 : le standard international de référence

La norme ISO 14001 (dernière version : 2015) définit les exigences d'un système de management environnemental (SME). Sa logique centrale est le cycle PDCA (Plan-Do-Check-Act) appliqué aux enjeux environnementaux de l'organisation. La certification ISO 14001 est délivrée par un organisme accrédité (Bureau Veritas, SGS, AFNOR Certification, etc.) après audit.

Avantages pratiques :

• Structure la gestion des obligations réglementaires et réduit le risque de non-conformité
• Valorisée dans les appels d'offres publics et privés
• Reconnue internationalement (plus de 300 000 certificats dans 171 pays)
• Peut réduire les primes d'assurance responsabilité civile

Pour une méthodologie de déploiement, voir notre guide ISO 14001.

EMAS : le référentiel européen de performance

EMAS (Eco-Management and Audit Scheme) est le référentiel européen de management environnemental. Il intègre les exigences ISO 14001 et y ajoute :

• Une déclaration environnementale publique vérifiée par un vérificateur accrédité
• Des indicateurs de performance standardisés (énergie, eau, déchets, biodiversité, émissions)
• Un enregistrement auprès d'un organisme compétent national (en France : le Comité de l'Ecolabel et de l'EMAS)

EMAS est plus exigeant qu'ISO 14001 en matière de transparence et de performance mesurable, mais sa reconnaissance reste principalement européenne. Il est adapté aux entreprises souhaitant valoriser leur engagement environnemental auprès des parties prenantes institutionnelles.

ISO 14001 vs EMAS en pratique : choisissez ISO 14001 si votre priorité est la reconnaissance internationale et la structuration interne ; optez pour EMAS si vous opérez principalement en Europe et souhaitez une déclaration publique vérifiée à valeur de preuve.

Maintenir sa conformité suppose un suivi actif de l'évolution réglementaire. Les sources officielles à connaître :

Sources françaises

• AIDA (Analyse, Inventaire des Documents réglementaires relatifs aux installations industrielles et agricoles) : base de données de l'INERIS recensant les textes applicables aux ICPE, classée par rubrique de nomenclature. Indispensable pour les exploitants ICPE
• Légifrance (legifrance.gouv.fr) : version consolidée du Code de l'environnement et de l'ensemble de la législation française
• GEREP (georep.din.developpement-durable.gouv.fr) : plateforme de déclaration des émissions polluantes et des BEGES
• BASOL : inventaire des sites et sols pollués (Ministère de la Transition Écologique)
• Géorisques (georisques.gouv.fr) : cartographie des risques environnementaux et technologiques

Sources européennes

• EUR-Lex (eur-lex.europa.eu) : ensemble de la législation européenne, versions consolidées en français
• ECHA (echa.europa.eu) : informations sur les substances REACh, liste des SVHC, obligations d'enregistrement
• EIPPCB (Joint Research Centre) : documents de référence sur les meilleures techniques disponibles (BREF) pour la directive IED

Outils de veille automatisée

Les grandes entreprises disposent généralement d'un abonnement à un outil de veille réglementaire spécialisé (Actu-Environnement, Doctrine.fr, Wolters Kluwer, Dalloz Environnement). Pour les PME, des alertes sur Légifrance et EUR-Lex couplées à un suivi des publications du Journal Officiel constituent une alternative accessible.

Recommandation pratique : désigner un référent conformité environnementale, même à temps partiel, en charge du suivi réglementaire et de la mise à jour du registre des obligations applicables.

Étape 1 — Cartographie des activités et des risques

L'audit commence par une identification exhaustive des activités de l'entreprise susceptibles de générer des impacts environnementaux : consommation d'énergie et d'eau, rejets atmosphériques, production de déchets (dangereux ou non), risques de pollution des sols et des eaux.

Cette cartographie doit couvrir les activités directes mais aussi les activités externalisées (sous-traitants, prestataires logistiques) dans le cadre de l'analyse du cycle de vie et des exigences CSRD sur la chaîne de valeur.

Étape 2 — Identification des obligations applicables

À partir de la cartographie, établir la liste des textes réglementaires applicables : régime ICPE si pertinent (voir notre guide ICPE et la nomenclature ICPE 2026), obligations de déclaration BEGES, filières REP concernées, obligations de tri des déchets, réglementation sur les substances chimiques (REACh).

Ce registre des obligations — appelé aussi « registre des exigences applicables » — est une exigence formelle de la norme ISO 14001.

Étape 3 — Évaluation de la conformité

Pour chaque obligation identifiée, évaluer le niveau de conformité actuel : conforme, partiellement conforme, non conforme. Cette évaluation peut s'appuyer sur :

• L'analyse documentaire (arrêtés préfectoraux, déclarations réglementaires, BSD)
• Les entretiens avec les responsables opérationnels
• L'inspection visuelle des installations

Étape 4 — Plan d'actions correctives

Les non-conformités identifiées donnent lieu à un plan d'actions avec responsable désigné, délai et indicateur de vérification. Prioriser les actions selon la criticité du risque (probabilité × impact).

Étape 5 — Suivi et amélioration continue

L'audit de conformité n'est pas un exercice ponctuel. Il doit être reconduit à une fréquence adaptée à l'évolution réglementaire et aux changements internes de l'entreprise (nouvelles activités, nouveaux sites, évolutions des procédés).

Checklist minimale pour une PME industrielle

• Vérification du classement ICPE : suis-je soumis à Déclaration, Enregistrement ou Autorisation ?
• Arrêté préfectoral à jour et prescriptions respectées
• Registre des déchets tenu (dangereux et non dangereux)
• BSD (bordereaux de suivi déchets dangereux) archivés 3 ans
• Tri 5 flux + biodéchets + textiles en place
• Contrat avec collecteur agréé pour chaque type de déchet
• Filières REP : adhésion aux éco-organismes concernés
• Plan de prévention des risques de pollution (déversements accidentels)
• Formation du personnel aux gestes environnementaux
• Déclaration BEGES si +500 salariés (tous les 4 ans, plateforme GEREP)
• Reporting CSRD si seuils atteints

La conformité environnementale est un domaine en accélération constante. Les entreprises qui l'abordent de façon réactive — en attendant le contrôle ou la mise en demeure — s'exposent à des sanctions disproportionnées au regard du coût de la prévention. Structurer un système de veille, désigner un référent et conduire un audit régulier constituent les trois leviers fondamentaux d'une gestion efficace du risque environnemental.

Sources : Code de l'environnement (Légifrance, version consolidée fév. 2026) ; INERIS / base AIDA ; Ministère de la Transition Écologique, guide pratique BEGES 2024 ; DGCCRF, guide REACh ; Commission européenne, règlement CSRD et paquet Omnibus 2025 ; directive 2024/1203/UE sur la criminalité environnementale.